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Hauptcharaktere 

Naruto Uzumaki (うずまき ナルト, Uzumaki Naruto)

Der vierte Hokage versiegelte in ihm das Fuchsungeheuer Kyūbi als Naruto noch ein Baby war. Zu Beginn der Handlung ist Naruto tollpatschig und ungeschickt, doch wenn es um seine Freunde geht, erwachen in ihm der Kampfgeist und die Kraft des Dämons. Im späteren Verlauf zeigt sich, dass Naruto es schafft Jutsus zu erlernen, die kein Anderer oder nur die Wenigsten bisher erlernen konnten. Zurückzuführen ist dies auf seine starke Willenskraft und seine erhebliche Chakramenge, die er teilweise von Kyūbi erhält. Wie sich in späteren Handlungsabschnitten herausstellt ist Naruto der Sohn des vierten Hokage Minato Namikaze (波風 ミナト, Namikaze Minato) und Kushina Uzumaki (うずまき クシナ, Uzumaki Kushina), die beide bei der Rettung von Konoha vor dem Kyūbi ihr Leben ließen.

Sakura Haruno (春野 サクラ, Haruno Sakura) 

Eine Ninja-Musterschülerin, die in Sasuke verliebt ist. Ihre größten Stärken sind ihre Intelligenz und die perfekte Kontrolle über ihr Chakra. Sie hat zwei Persönlichkeiten, und ihre „innere Stimme“ zeigt sich manchmal, wenn sie sich in schwierigen Situationen befindet. Später kann sie mit den Fortschritten von Naruto und Sasuke nicht mehr mithalten und tritt als Schülerin von Tsunade den Pfad eines Medizin-Ninjas an.

Sasuke Uchiha (うちは サスケ, Uchiha Sasuke)

Er stammt aus einer der stärksten Ninja-Familien in Konoha. Sein Lebensziel ist es, seinen Bruder Itachi zu töten, der mit der Hilfe von Tobi den ganzen Familienclan, bis auf Sasuke, ausgelöscht hat. Er beherrscht das Sharingan. (Kekkei Genkei)

Kakashi Hatake (はたけ カカシ, Hatake Kakashi)

Er ist Jōnin und Lehrmeister von Naruto, Sakura und Sasuke. Kakashi ist ein meisterhafter Kämpfer und ehemaliges ANBU-Mitglied. Sein linkes Auge ist die meiste Zeit von seinem Stirnband bedeckt. Darunter verbirgt er ein Sharingan-Auge, das er in seiner Jugend von seinem besten Freund Obito aus dem Uchiha-Clan transplantiert bekam. Daher hat er auch die Fähigkeit, die Techniken seines Gegners zu kopieren und wird daher „Kopier-Ninja“ genannt. Kakashis Lehrmeister war der vierte Hokage und mit der Zeit entdeckt Kakashi gewisse Ähnlichkeiten zwischen seinem alten Lehrer und seinem Schüler Naruto. Er stand in der engeren Auswahl zum sechsten Hokage, konnte sich jedoch nicht gegen Danzō durchsetzen. Nach Danzōs Ableben soll er zum neuen Hokage ernannt werden, jedoch erwachte Tsunade, der vierte Hokage, rechtzeitig aus ihrem Koma, um das Amt erneut antreten zu können.

Nebencharaktere

Die San-Nin (Drei Ninja) 

Jiraiya (自来也), Tsunade (綱手) und Orochimaru (大蛇丸) sind die „Drei legendären Ninja“ (伝説の三忍, Densetsu no Sannin), die durch ihre Stärke einen weitreichenden Bekanntheitsgrad erreicht haben. Sie stammen aus Konoha und wurden dort vom dritten Hokage trainiert, gingen jedoch später getrennte Wege.

Jiraiya ist für seine Lüsternheit bekannt, als Schriftsteller schrieb er unter anderem erotische Bücher, aber auch ein Buch, in dem die Hauptfigur der Namensgeber für Naruto ist. Zudem wurde ihm vorhergesagt, dass er den Ninja ausbilden wird, der die Welt der Ninja verändern wird.

Tsunade leidet unter einer Spielsucht, ausgelöst durch die tiefe Trauer über den Verlust ihres jüngeren Bruders und ihres Verlobten, aufgrund derer sie Konoha-Gakure verließ. Ihre Fähigkeiten liegen insbesondere in der Heilkunst und in ihrer immensen Körperkraft.

Orochimaru ist verschlagen, listig und mit einer breiten Palette an fürchterlichen Techniken ausgestattet. Um alle Jutsu zu erlernen, trachtet er nach ewigem Leben. Seine diesbezüglichen Experimente haben dafür gesorgt, dass seine wahre Gestalt die einer weißen Schlange (sein vertrauter Geist) ist. Orochimaru war Mitglied der Organisation Akatsuki, verließ diese jedoch wieder, nachdem er von Itachi erfolgreich davon abgehalten wurde dessen Körper zu übernehmen.

Die San-Nin sind gestaltet nach den gleichnamigen Figuren aus der Geschichte Jiraiya Goketsu Monogatari (児雷也豪傑物語, „The tale of the gallant Jiraiya“).

Weitere Ninja aus Konoha 

• Team Kurenai/Team 8

Kurenai Yūhi ist die Anführerin dieses Teams und ist für die Ausbildung von Hinata Hyūga, Kiba Inuzuka und Shino Aburame verantwortlich. Hinata verfügt, aufgrund ihrer Abstammung, über das Byakugan, ein verbessertes Auge, mit dem sie in der Lage ist, das Chakra von anderen zu erkennen und es mit ihren Nahkampftechniken zu beeinflussen. Kiba, der stets von seinem Hund Akamaru begleitet wird, benutzt hauptsächlich Techniken in Zusammenhang mit diesem und verlässt sich häufig auf seinen ausgeprägten Geruchssinn. Shinos Körper lebt in Symbiose mit einer Käferart die ihm gehorcht und die er für seine Zwecke einsetzen kann.

• Team Guy/Team 9

Dieses Team wurde bereits ein Jahr vor den anderen Teams unter Mighty Guy gegründet. Zu ihm gehören Neji Hyūga, Rock Lee und Tenten. Rock Lee eifert so gut er kann seinem Vorbild Mighty Guy nach, verlässt sich aber allein auf seine reine Kampfkraft, da er weder Ninjutsus noch Genjutsus beherrscht. Neji hingegen verfügt, wie Hinata, über das Byakugan. Tenten ist eine Spezialistin im Umgang mit Fernkampfwaffen und steht somit im starken Gegensatz zu den drei Nahkämpfern im Team.

• Team Asuma/Team 10

Unter der Leitung von Asuma Sarutobi, dem Sohn des dritten Hokage, sollen Shikamaru Nara, Chōji Akimichi und Ino Yamanaka zu vollwertigen Ninja ausgebildet werden. Shikamaru hat sich auf Techniken spezialisiert bei denen er Schatten kontrollieren und als Waffe verwenden kann, während Inos Spezialität die Kontrolle der Gedanken Anderer ist. So kann sie die totale Kontrolle über den Körper eines Gegners gewinnen, ist allerdings zu diesem Zeitpunkt selbst schutzlos. Der ständig essende und dick wirkende Chōji hat, wie sein Vater, die Fähigkeit bestimmte Körperteile, wie etwa die Fäuste, stark zu vergrößern. Nachdem Asuma in einem Kampf stirbt bildet sich aus den verbleibenden Teammitgliedern das inoffizielle Team Ino Shika Cho.

• Iruka Umino (うみのイルカ, Umino Iruka)

Iruka ist ein Chūnin und zu Beginn der Serie Narutos Klassenlehrer an der Ninja-Akademie. Die beiden treffen sich oft um gemeinsam Nudelsuppe (Ramen) zu essen, wobei Iruka immer wieder für Narutos vertilgte Unmengen aufkommen muss. Er ist eine Vaterfigur für Naruto. Liest man seinen Namen als „Umi no iruka“, so hat er die Bedeutung „Meeresdelfin“. Seine Eltern sind im Kampf gegen den Neunschwänzigen Fuchs gefallen.

• Sai und Yamato

Als Vertretung für Kakashi und Sasuke wird Team 7 zeitweise mit neuen Mitgliedern besetzt. Als Ersatz für Sasuke kommt Sai von der ANBU-Organisation Root auf Geheiß des ANBU-Anführers Danzō ins Team, wo er durch beleidigende Äußerungen Naruto und Sakura gegen sich aufbringt. Als Ersatz für Kakashi dient Yamato, der ebenfalls ein ANBU-Mitglied ist. Yamato ist ein Produkt aus Orochimarus Experimenten und kann aufgrund dieser ebenso wie der erste Hokage Holz-Element-Jutsus anwenden. Er ist dadurch in der Lage die Macht der Jinchūriki unterdrücken.

• Danzō Shimura

Danzō Shimura ist einer der drei Ältesten von Konoha und Sais Vorgesetzter. Er ist verbittert und dafür bekannt, dass er mehr auf Logik als auf Emotionen setzt. Danzō gründete und führte die ANBU-Gruppe, die als „Ne“ (根) oder „Root“ bekannt ist (im deutschen Anime „ANBU Kern“). Die ANBU-Ne-Gruppe wurde jedoch aufgelöst und er verlor seine Position. Er kämpfte vor langer Zeit mit Hiruzen Sarutobi um die Position des dritten Hokage. Er versuchte auch einige Putschversuche, die jedoch allesamt fehlschlugen. Er hasst Tsunade, da sie mit dem ersten Hokage verwandt ist und die Lehren des dritten Hokage weiterführt. Im späteren Verlauf der Handlung wird Danzō zum sechsten Hokage ernannt. Bei einem Kampf wird er von Sasuke getötet.